根尖手术无痛苦，但是手术相对较复杂，对临床医生的技术要求相对较高。如果是深大的龋损，可以进行牙髓保存；如果牙髓已经坏死，甚至牙髓坏死已经波及到根尖周，即需积极进行根管治疗。根管治疗是清除根管系统内所有微生物，实现较好的预后。
但临床上部分患者来就诊时，病程已较长，较多微生物已渗到根管系统的侧支小管内以及根尖较复杂的Delta三角区内。根管治疗后还会反复出现根尖肿胀，根尖周脓肿无法完全愈合，故还需要进行根管再治疗。如果根管再治疗也无法获得满意效果，则需选择根尖手术。
根尖手术目前有较好的显微根尖手术技术，在显微镜下准确消除患牙根尖区的感染，进行一个小的开窗手术，去掉3mm左右的牙根，进行充填，缝合创口，使患牙得以保存，继续行使其功能。
