耳根出现阵发性神经痛，需检查的科室包括以下方面：

1、耳鼻喉科：属于首诊科室，如果专科医院分得比较详细，可到耳科就诊，医生会进行外耳道、鼓膜及听力检查。若疼痛较剧烈，可能还需进行CT、核磁检查，明确是否有耳内病变，如中耳炎或外耳道、中耳肿物等，而引起的耳根神经阵发性疼痛；

2、口腔科：若耳科检查未发现明显异常，可能需到口腔科就诊。因为颞颌关节处于耳道前壁，即外耳道前面，如果出现颞颌关节紊乱或颞颌关节病变，也会在张口或使劲咬牙时，表现为阵发性疼痛；

3、神经内科：如果口腔科与耳科检查均未发现问题，可能需要到神经内科就诊，明确是否为三叉神经痛。