扁桃体发炎、化脓，最主要是由于细菌感染引起，如A族乙型溶血性链球菌以及其它细菌，如非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、病毒以及寄生虫等，都可以引起扁桃体急性炎症，通常细菌和病毒的混合感染者多见。身体免疫力低下或者局部免疫力低下，都可以导致病原体侵入，以及原有身体病原体的急剧繁殖，导致扁桃体发炎。
另外，邻近器官的感染，如急性咽炎、鼻窦炎以及口腔炎症，可以蔓延到扁桃体，引起扁桃体急性炎症。传染病，如流感、猩红热、白喉等可以感染到扁桃体，引起扁桃体急性的炎症，病人通常会出现高烧，为39-40℃，咽痛剧烈，伴有吞咽疼痛明显。由于炎症可以使扁桃体肿大，导致病人有咽堵，甚至有呼吸困难，检查时扁桃体会有脓性分泌物附着，通常需要足量的抗生素进行治疗。
