半夜肛门疼痛主要是因为肛门括约肌痉挛引起，夜间副交感神经兴奋，可以导致肛门括约肌突然出现痉挛。如果疼痛特别严重时，可以稍微走动，疼痛即可消失。如果疼痛难以忍受可以热水坐浴，5-10分钟即可缓解。如果疼痛经常发作，可以通过以下方法进行处理：

1、手术：将痉挛的肌肉切断一部分，但由于手术存在创面，很多患者不愿意接受；

2、穴位埋线：在长强穴用羊肠线进行埋线，同样可以缓解疼痛。

多数人夜间出现痉挛时通过转移注意力，包括减轻工作压力就可以缓解。另外，如果患者疼痛发作但不愿进行手术时，口服中药也会有效。