流感反复发烧39℃，治疗方法如下：

1、及时应用抗流感病毒药物，如奥司他韦、帕拉米韦、阿比多尔等，尽快缩短病程；

2、临时处理发热，包括物理降温与药物降温。物理降温方法包括洗温水澡或应用温水擦拭大血管走行部位，如腋窝、腹股沟、颈部等。此外，发烧时需适当减少衣物，防止衣物过多不利于散热，也可适当进食冷食。退烧药物主要包括布洛芬与对乙酰氨基酚等。