扁桃体化脓，多是考虑由细菌感染所引起的扁桃体炎症。在治疗的时候，多推荐使用青霉素，或者头孢，或者是喹诺酮类抗生素。而推荐使用的头孢，可以是一代头孢，也可以是二代头孢。一代头孢主要是见于头孢氨苄或者头孢唑林，而二代头孢由于抗革兰氏阴性菌的效果强于一代头孢，其抗革兰氏阳性菌和一代头孢基本上作用类似，同时还有一定的抗厌氧菌功效。
所以在治疗化脓性扁桃体炎的时候，比较推荐使用二代头孢，有头孢丙烯、头孢克洛、头孢替安等，上述药物有口服、静脉注射，要根据扁桃体化脓的严重程度进行区分。一旦有扁桃体的化脓性炎症，在使用头孢菌素之前，建议查血常规，评估中性粒细胞、白细胞、血小板的血指标功能状态。有些病人本身存在着中性粒细胞过低、白细胞过低的情况，用头孢菌素就要非常慎重，因为头孢本身存在减少中性粒细胞的作用。
