碘甘油一般不用于治疗口腔溃疡，效果并不理想。碘甘油是活性碘，有一定抗菌作用，但浓度较高，一般在牙周袋内上药，即牙周袋内有炎症的情况下，可以选用碘甘油。碘甘油有抗炎、抗菌作用，主要针对牙周袋内的细菌，而口腔溃疡主要不是由细菌感染引起，相比于抑菌药，更重要的是选用促进溃疡愈合、保护创面的药物，而碘甘油并无此类作用。由于碘浓度高，有时患者在溃疡上涂抹碘甘油后，疼痛感会加剧，并且碘甘油的适应症不包括治疗口腔溃疡，所以不建议选用。
对于口腔溃疡一般选用局部有贴附作用的药物，比如吸附在黏膜上保护创面。而碘甘油较难保持在黏膜上，因此作用较小。治疗口腔溃疡可选用较常用的康复新液、西瓜霜、外用溃疡散、重组人表皮生长因子凝胶、曲安奈德口腔膏，均可有效促进溃疡愈合。
