EST手术治疗以下疾病：

1、胆道结石、胆道蛔虫、胆管内坏死性癌栓、胆道内黏液性的肿瘤、肝移植术后的铸型胆栓、胆肠短路术后的盲端综合征，解除胆总管末端的梗阻；

2、缩窄性的乳头炎、Oddi括约肌功能障碍、早期壶腹癌、急性梗阻性化脓性胆管炎的减压与引流、胆源性胰腺炎的治疗、医源性或者外伤性胆瘘的治疗。

其它诊疗前的必要步骤，比如置入大口径的胆管支架、多支架的引流、母子胆道镜检查、腔内超声检查IDUS、胰管括约肌切开，进行胰管相应疾病的治疗，都需要先做EST切开建立一个通道，才能达到下一步较好的治疗效果。