胃间质瘤的症状因人而异，具体由肿块大小、部位及生长方式决定。一般遇到的患者往往没有症状，这部分患者约占1/3。部分患者肿块比较大，疾病发展到一定程度，可出现进食后饱腹感明显，肿块如果位于贲门口，可出现吞咽困难、腹部胀满不适的症状。

少数患者还会出现恶心、呕吐，甚至呕血、黑便。极少数患者可出现低血糖或者呼吸困难。所以，胃间质瘤的症状与其大小有关，间质瘤较小的患者，常无任何症状，瘤体较大且生长位置不好时，可表现出一些消化道症状。