对于新生儿黄疸，治疗方法也分为对因治疗和对症治疗两大方面。对因治疗顾名思义是针对引起黄疸诱因做出治疗，例如较常见引起新生儿黄疸原因，新生儿溶血病或新生儿感染等。需给予特殊药物，比如给予丙种球蛋白或抗生素，封闭导致溶血抗体及杀灭病原体，才能从根本上达到退黄目的。

除此之外常见引起黄疸原因，也就是母乳喂养相关黄疸或母乳性黄疸，前者需注意加强喂养，后者需通过停母乳帮助确认病因。一旦确认母乳性黄疸，可继续母乳喂养。只有这类黄疸不需特殊治疗。除对因治疗外，没明确病因或已经明确，但黄疸水平很高，需针对黄疸本身处理。

目前世界上公认最安全有效的退黄方法是光照疗法，也就是照蓝光。光疗实际上不只限于蓝光照射，也可能有白光或蓝绿光等不同光源，都可起到退黄作用。需要注意，光照疗法对退黄是最有保证和安全的治疗方式，但治标不治本。

光疗只能分解皮肤表层胆红素，促进排泄。但如果引起黄疸诱因持续存在，比如有感染或母乳性黄疸，孩子身体里会持续不断产生胆红素，一旦停止光疗，皮肤会再次显现黄疸。因此对因治疗是最根本治疗方式。

除光疗外，以前甚至现在都有些医生推荐使用中成药或肝酶诱导剂等药物帮助退黄。另外益生菌本身也不起退黄作用，但益生菌可帮助孩子保持排便通畅。自然状态下胆红素大部分通过粪便排出，所以益生菌可有一定间接帮助退黄作用，但并不起直接退黄作用。因此对于黄疸，先要找到病因对因处理，最安全有效处理方式是光照疗法。