牙根尖囊肿早期无疼痛症状或者临床特征，病情较重时牙齿会因为牙髓坏死而发生颜色改变，会呈现灰黑色，而正常牙齿是呈乳白色、有光泽。通常是通过X光片发现牙齿根尖有阴影，并且周围有阻射性白线，说明牙齿有根尖囊肿，属于颌骨的囊肿。早期根尖囊肿可以通过根管治疗，也可以通过手术进行切除。当根尖囊肿发展到颌骨囊肿时，局部会膨隆，触摸会有乒乓球样的感觉，要请口腔外科医生进行根尖囊肿的手术摘除。
牙根尖囊肿的形成原因一般是龋齿发展到牙髓炎，牙髓炎得不到彻底治疗而引起根尖周炎，急性根尖周炎引起慢性的根尖周炎。当身体抵抗力增强时，根尖周组织进行修复，这种修复是炎性肉芽组织修复，即炎性肉芽肿，当炎性肉芽肿长到一定程度时，中央区域会发生坏死，周围液体会渗入腔内，逐渐形成根尖囊肿。
