胃糜烂活检，大约有3%-5%的几率检出恶性，操作者如果发现胃黏膜有糜烂灶，通常会取病理来对糜烂灶进行良恶性判断，并指导下一步治疗。胃黏膜糜烂良恶性检出的高低，与操作者的内镜诊断水平，以及活检的精准性有关，大部分胃黏膜糜烂是良性病变。

内镜下，可以通过醋酸染色、靛胭脂染色以及放大内镜等观测，对胃黏膜糜烂进行初步的良恶性判断，但是诊断金标准是活检下的病理诊断。如果病理是良性，可以通过抑制胃酸、保护胃黏膜等进行治疗，如果病理是恶性，通常会进一步进行超声胃镜检查，来确定糜烂灶的浸润深度。如果是胃黏膜早癌，可以通过内镜下的ESD技术，进行胃早癌的根治治疗。