胎停育发生的原因，涉及到很多不同方面，整体数据上2/3以上，与胚胎本身先天染色体基因重大疾病相关。因此生长发育早期，被自然淘汰，如果只是偶然发生1次胎停育，无需过于担心，可能为一次优胜劣汰，未来怀孕不会受到过多影响。

如果频繁发生2次，甚至3次以上胚胎停止发育情况，夫妻双方应进行相应检查，如染色体疾病，有时可能是父源或者母源本身携带基因异常的问题。母体疾病如高血压、糖尿病。有时可为潜在以胎停育为首要表现的风湿免疫科疾病，如抗磷脂综合征，及其他较少见的疾病。