不同的真菌，以及感染的部位不同，所采取的最佳治疗措施有所区别，常见的包括以下几种：

1、皮肤黏膜浅部真菌感染：一般外用乳剂，比如克霉唑软膏、咪康唑软膏；

2、口腔念珠菌感染：一般会采取制霉菌素的片剂局部涂抹；

3、肠道念珠菌感染：一般会口服制霉菌素片，而口服制霉菌素片不吸收，会产生比较少的副作用；

4、阴道念珠菌感染：一般会选择外用的栓剂，比如克霉唑，或者咪康唑的栓剂来治疗，这些局部治疗如果效果不好，可以配合口服氟康唑片，或者其他治疗真菌的口服药物治疗；

5、深部真菌感染：不同真菌感染选取的药物有所区别，如果是念珠菌属，一般会选择氟康唑，但对于克柔念珠菌、光滑念珠菌基本耐药，这种情况可能就需要选择棘白菌素类，可以应用注射用米卡芬净钠、注射液醋酸卡铂芬净。但如果感染的是曲霉，曲霉的感染一般会首选伏立康唑，也可以应用棘白菌素类的药物。但如果感染的是新型隐球菌，这种情况一般会首选两性霉素B联合氟胞嘧啶，后期可以结合氟康唑来巩固治疗。