根尖周囊肿通常囊肿面积不是很大，多局限在病变牙的根尖部，边界非常清楚。同时病变中心是囊性的阴影，骨质吸收区周围可以有白色的骨质反应线，也叫骨白线，此情况是根尖周囊肿典型的影像学表现。
临床上根尖周囊肿要跟根尖周脓肿、颌骨囊肿进行鉴别，根尖周脓肿大小与根尖周囊肿类似，局限在一个牙的根尖周。但是脓肿周围边界不是很清晰，没有白色的骨质反应线，临床症状也有急性炎症的表现，如疼痛、红肿等。
而颌骨囊肿范围比较大，通常在两个牙以上，此区域则不是根尖周囊肿，而是颌骨囊肿。颌骨囊肿的表现与根尖周囊肿类似，也是中间是密度减低区，周围有骨白线。因此根尖周囊肿的影像学表现很有特异性。
