原发性肝癌最早、最常见的转移部位是肝内转移。恶性肿瘤转移的途径包括血行转移、淋巴转移、远处播散、种植转移等。在临床上，有些患者肝内多发的肝癌结节，首先是一个结节，通过肝内转移引起多发转移。

原发性肝癌常引起远处转移的部位是肺部以及骨骼，经常会看到肝癌患者在查CT的时候，肺上有明显的转移灶，或者骨头上常见的部位是腰椎以及股骨，脑部也有可能出现转移。对于部分患者，还可能发生种植性转移。