生殖器疱疹的治疗比较棘手，尤其对于女性患者还要怀孕，治疗方法可分为中医治疗和西医治疗，具体如下：

1、西医治疗：以长期病毒抑制疗法为主，长期是指使用抗病毒药物，包括伐昔洛韦、阿昔洛韦。前10天药物使用的剂量比较大，10天后需要改为小剂量持续性维持治疗。抗病毒药物一般需要口服3个月左右，欧美治疗指南可以口服到半年左右；也可以使用免疫调节治疗，比如胸腺肽等提高细胞免疫的药物治疗；

2、中医治疗：和西医的治疗其实原则上是一致的。在疱疹病毒的发作期间，应采用清热、解毒、化湿的中药治疗，比如五味消毒饮加减治疗；在疱疹间歇期，采取益气养阴的中药治疗。对于在怀孕期间的女性患者，可采取清热、解毒、化湿的治疗，大多数情况下对胎儿没有影响。