甲沟炎肉芽组织的自愈，必须先要去除指甲对甲板、甲床和周围组织皮肤的炎性刺激，避免坏死性组织感染。反复感染可以刺激周围肉芽增生，因此先要减轻指甲的刺激，将指甲修剪规整，避免进一步刺激甲板、甲床和周围组织。
另外，甲沟炎很多是由于金黄色葡萄球菌感染引起，可以适当应用一些抗生素。在局部消肿、收敛的情况下，可以加服一些抗生素，或者是静脉输入抗生素。
如果出现播散性、坏死性的组织感染，最终还是要通过外科手术进行解决，包括切开引流、部分拔甲，或者是甲床修整手术，切除部分或全部造成肉芽肿刺激的指甲等。此时才能先有效减轻异物对甲床和周围组织的一些炎症刺激，消除肉芽肿的诱因。
