甲状腺功能亢进(甲亢)治愈后，大部分患者没有后遗症，但部分甲状腺功能亢进患者会有后遗症发生，常见后遗症如下：
1、甲状腺功能减退：是较常见的后遗症，尤其在甲亢患者行碘131治疗或行甲亢手术后，会出现永久性甲状腺功能减退(甲减)，需终身服用左甲状腺素替代治疗。但甲减患者只要通过甲状腺激素替代治疗，甲状腺功能恢复正常后就不会影响患者生活质量，妊娠妇女即使有甲减，也能生出聪明、健康的宝宝；
2、甲状腺功能亢进性心脏病：严重的甲亢治愈后还可能遗留甲状腺功能亢进性心脏病，表现为心脏扩大。若心脏已经明显扩大，可能甲状腺功能亢进性心脏病也不能得到好转，需长期服用治疗甲状腺功能亢进性心脏病的药物；
3、甲状腺功能亢进突眼：甲亢易合并突眼，在甲亢治愈后，大部分患者的突眼能得到缓解，但也有部分患者留有突眼后遗症，严重突眼甚至需进一步眼科矫正手术治疗。