口腔溃疡常见的是复发性口腔溃疡和创伤性溃疡，一般很少吃药，进行局部治疗即可。所以复发性口腔溃疡比较常用的治疗方式是局部漱口，可以用康复新液、西帕依固龈液等，可以用促进溃疡愈合作用的药物漱口，在局部涂抹促进溃疡愈合作用的溃疡膏、溃疡散或溃疡贴片，也可以使用重组人表皮生长因子凝胶、曲安奈德口腔软膏。如果是创伤性溃疡，治疗重点是去除创伤的因素，比如将牙齿的残根拔出或将残冠补好，不用药也容易愈合。
临床主张应用局部治疗药物，所以口腔溃疡可以不吃药，除非特别严重反复发作的复发性口腔溃疡，如疱疹样阿弗他溃疡或重型阿弗他溃疡，需口服药物治疗。如果出现癌性溃疡，即口腔内发生菜花样、草莓样溃疡，持续不好的癌性溃疡，主要采用手术切除来治疗。
