通常自身免疫性肝病患者在就诊时，需要检测血常规、C-反应蛋白、血沉、肝功能、凝血功能，以及自身免疫性肝病相关的自身抗体，比如免疫球蛋白IgG、IgM、 IgA。另外，患者还需进行肝脏彩超检查、肝纤维化无创诊断等。

部分患者可能需要进行肝穿刺活检和病理组织学检查，以帮助明确诊断。对于怀疑原发性硬化性胆管炎的患者，还需进行胆道造影检查，比如磁共振胰胆道造影，也称为MRCP，以及经内镜逆行胰胆管造影，也称为ERCP等，以明确诊断。