肿瘤标志物三项因不同器官的肿瘤而有差异，有的是集中某一个器官判断，比如女性的卵巢癌，可能主要进行CEA、CA125或者是伴有其它肿瘤的情况，可能还有HE4，来判断是否与卵巢癌的发生有关。
对于女性乳腺癌，可能包括CEA、CA153，还有其他的肿瘤标志物，消化系统肿瘤可能是CEA、CA199、CA724等组合。这些肿瘤标志物在体内可能还要涉及不同的器官、组织，比如与肝癌发生有关的AFP、与男性前列腺癌有关的PSA，还有与肺癌有关的NSE。
但是对于肿瘤标志物，组合的项目越多，涉及的器官、脏器可能也就相对更高，对机体的提示作用更为全面。但不管是几项的肿瘤标志物，都不能作为肿瘤非常明确的诊断。如果哪些肿瘤标志物异常升高，还要进行影像学的评估，来判断体内是否有真正意义的肿瘤存在。
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