肝囊肿是否治疗要根据患者的具体情况决定，绝大多数囊肿体积较小，无明显症状，可以定期随诊，不需要治疗。如果囊肿体积较大，且出现压迫症状，如压迫胃十二指肠出现餐后饱胀、纳差、呕吐、腹痛等，压迫膈肌影响到呼吸，压迫肝脏影响到肝脏功能，甚至出现黄疸，此时需要积极治疗。对于难以鉴别性质的肝囊肿，也需要积极治疗。
囊肿治疗的方法是开窗引流手术，大多数可在腹腔镜下进行，具有创伤小、术后恢复快的优点。对于症状明显而无法耐受手术的患者，也可慎重选择在腹部超声引导下进行肝囊肿穿刺引流联合无水酒精注射，但要防止无水酒精向腹腔渗漏引起肠管憩室，还要注意酒精吸收后引起饮酒样并发症。
