耳朵深处疼需要判断是否伴有其他不适症状，比如耳朵流水、流脓等可能是中耳炎的情况。除此之外还有可能是中耳癌以及胆脂瘤等疾病。需要进一步检查，包括耳内镜检查以及进一步的耳部薄层CT检查，确诊病变情况。有无骨质破坏、肿瘤形成、胆脂瘤形成等。

1、中耳炎：如果有慢性中耳炎病史，一定要小心中耳炎复发。中耳炎可能引流不畅，使脓液在中耳腔、乳头腔积聚无法流出，刺激鼓膜产生明显的疼痛。有时候也需要通过手术如乳突切开手术，脓液引流才能彻底治愈疼痛；

2、中耳癌：如果多年以后出现相应症状，有可能是中耳癌的情况。需要进行相对范围比较大的手术，将整个颞骨全切或者次全切，以达到彻底治愈中耳癌的情况。中耳癌的可能性相对比较小，本身发病率也很低。但如果有慢性中耳炎几十年的病史，一旦出现耳痛以及耳流血的情况下，要小心癌变可能性；

3、胆脂瘤：如果有骨质破坏或者胆脂瘤形成，需要做手术将其切除，才能达到彻底治愈的目的。