HPV感染究竟能不能打宫颈癌疫苗尚存争议，通常如果HPV感染的型别与宫颈癌的疫苗没有重合，也就是不被宫颈癌疫苗所覆盖，可以注射宫颈癌疫苗。如果HPV呈阳性，阳性的种类与宫颈癌疫苗相吻合，建议不要注射宫颈癌疫苗，因为说明此时已经有该型别HPV感染，再注射宫颈癌疫苗通常无效。
另外对于既往有过HPV感染，特别是与宫颈癌疫苗所覆盖的HPV型别呈吻合的情况，注射宫颈癌疫苗究竟有没有效果尚存争议，有些人认为可以打，因为现在已经阴性。有些人认为注射以后，可能会减少体内对该型别HPV的抗体，如果减少对该型别的抗体，可能注射还不如不注射的效果，因为它可以减少机体的抵抗力，减少对该型别HPV的预防作用，总之较多情况下存在争议。
