乙肝抗原可分为3种，分别是乙肝表面抗原、乙肝E抗原和乙肝核心抗原。由于乙肝核心抗原主要存在于乙肝病毒的大球形颗粒中，而血中测不出，所以一般乙肝抗原主要指乙肝表面抗原和乙肝E抗原。
乙肝表面抗原是乙肝病毒的外壳蛋白，本身不具有传染性，只具有抗原性，但它的出现常伴随乙肝病毒的存在，所以它是已感染乙肝病毒的标志，可存在于患者的血液、唾液、乳汁、汗液、泪液、鼻咽分泌物、精液及阴道分泌物中。
大部分急性乙肝患者的乙肝表面抗原结果，可在病程的早期转阴，慢性乙肝患者该指标可持续阳性。乙肝五项中，乙肝表面抗原是反映是否存在乙肝病毒感染的最主要指标，健康人应为阴性，阳性表示感染了乙肝病毒。乙肝E抗原由病毒基因在制造乙肝病毒过程中产生，继而分泌到血液中。
当血液检测乙肝E抗原为阳性时，代表该病毒在大量增殖，这时血液中乙肝病毒核酸通常为阳性，代表血液中含有大量的乙肝病毒，而且具有高度的传染性。如果乙肝E抗原为阴性而乙肝E抗体为阳性，通常表示乙肝病毒已经不再大量的增殖。
