破伤风疫苗的副作用主要是过敏，破伤风疫苗叫破伤风类毒素，主要是在动物身上提取，但现在也有破伤风从人的身上提取。从人身上提取的破伤风类毒素相对副作用较少，因为属于同种异体蛋白。
而从动物身上提取的破伤风类毒素属于异种异体蛋白，所以副作用相对更多，特别是过敏反应就更多。破伤风类毒素主要副作用就是注射局部的皮肤可出现红斑、水泡，也可出现全身皮肤的红斑、风疹，甚至严重的病人可出现心跳加快、呼吸困难、心慌、憋气，甚至血压下降等情况。
如果出现一般的过敏，比如身上起风疹，甚至起红斑，给病人运用一些抗过敏药，比如扑尔敏等即可。如果出现过敏性休克，则需要注射肾上腺素来抗休克治疗。
