囊肿和结节的区别，主要是内容物的区别，通常囊肿囊皮里包含的是液体样物体，可以是清水、巧克力样的密集液体，亦可是黏液，囊壁可能没有任何物体，为光滑状，亦可能附着有高回声结节或如畸胎瘤样有牙齿、骨骼等成分，而结节是实性成分。
囊肿主要出现在卵巢，即卵巢囊肿，而结节可发生在腺体部位，如甲状腺结节、乳腺结节，故两者为不同概念。囊肿、结节均有可能是良性或恶性，需综合根据患者具体症状、辅助检查、肿瘤标志物来确定良恶性。囊肿、结节良恶性准确的诊断是病理，病理石蜡切片可提供确切诊断，但要获得病理，需进行有创操作，而是否进行需综合判断。
