脂肪肝患者会出现肝功能指标异常，脂肪肝分为单纯性脂肪肝、脂肪性肝炎、脂肪性肝纤维化、脂肪性肝硬化。单纯性脂肪肝通常提示肝功能正常，仅表现为肝脏彩超或CT异常。脂肪性肝炎通常会出现肝功能异常，主要表现为谷丙转氨酶、谷草转氨酶、转肽酶以及碱性磷酸酶升高，严重的患者也会出现胆红素升高。脂肪性肝纤维化或肝硬化的部分患者，也会伴有肝功能异常。
对于出现肝功能异常的患者，要积极针对病因治疗，若为超重、代谢异常综合征、高血糖即糖尿病，或高血脂等因素导致，便要降糖、降脂、控制体重，适当增加运动量。针对脂肪肝的病因治疗，酒精导致的便要戒酒，药物诱发的便要停用损肝药物。
若为丙型病毒性肝炎引起的脂肪肝，便要针对丙肝进行抗病毒治疗，同时还要进行保肝治疗。针对肝功能异常，首先要用抗炎、保肝的药物，如甘草酸类药物。当胆红素升高时，可以应用保肝、利胆的药物，主要有S-腺苷蛋氨酸、熊去氧胆酸等。
