根据结肠炎发病情况可以分为急性和慢性结肠炎。急性结肠炎多为细菌性和缺血性，给予抗感染、修复黏膜、补液、改善循环等治疗后1-2周可以治愈。慢性结肠炎多为溃疡性结肠炎，需要长期服药治疗，一般3-5年甚至终身服药维持临床缓解，少数患者存在反复发作。疾病活动期病情急性发作，采用氨基水杨酸、激素、生物制剂等诱导缓解，一般1-2周可控制病情，诱导病情缓解之后需要长期服药维持临床缓解。

出现严重并发症例如中毒性巨结肠、大出血、穿孔、癌变者需要手术治疗，不及时有效治疗可危及生命。部分患者长期腹泻或便秘、腹痛症状反复，但肠镜检查无明显异常者，其它检查例如腹部CT、血糖、甲状腺功能等检查均正常，属于肠易激综合征。可以给予调节肠道动力、调节肠道菌群、改善焦虑情绪等对症治疗，需要长期治疗。