女性做试管婴儿比较安全，其害处是存在取卵的风险，以及多胎和卵巢过度刺激的风险。试管婴儿技术经过几十年的发展，已经成为比较安全、有效的治疗不孕症的方法。女性做试管婴儿的风险比较低，但会存在并发症风险，如促排卵取卵过程中，可能会出现出血、感染、脏器损伤的风险，这些风险的发生率非常低。
还可能出现多胎的风险，因为移植过程中可能会移植两个或者三个以上的胚胎，可能会导致双胞胎甚至三胞胎。多胎妊娠流产、早产风险明显高于单胎妊娠，同时女性妊娠期高血压、妊娠期糖尿病、产后出血的风险也明显增加。如果是多胎妊娠，可以考虑做减胎术。
如果多个卵泡发育，在取卵过程中可能会出现卵巢过度刺激综合征可能性，卵巢过度刺激综合征可能会导致胸水、腹水、血栓形成，必要时需要住院治疗。因此建议有指征的患者才考虑做试管婴儿，并不是所有的不孕症都需要做试管婴儿治疗。
