绝大部分的肝硬化都有原因，比如乙肝肝硬化、丙肝肝硬化、酒精性肝硬化等，也有非常少的肝硬化患者找不到原因，可以认为是原发性肝硬化。这一部分肝硬化占比非常少，不到5%。这种暂且称作原发性肝硬化的疾病，也可能只是病因不是特别明显，而并非没有病因，通常称之为隐源性肝硬化，常见的引起隐源性肝硬化的情况如下：

1、乙肝病毒：乙肝病毒造成的隐源性肝硬化比较常见，因为极个别乙肝病毒患者，乙肝病毒指标不明显，比如乙肝5项全是阴性，HBV-DNA也是阴性，而肝组织中有非常少量的乙肝病毒存在，这样的情况下，诊断肝硬化的病因时比较困难，需要做肝脏的病理学检查，在肝组织中查找乙肝病毒；

2、遗传因素：如特发性门脉高压症，表现就是有门脉高压，和肝硬化相似，但是肝组织没有明显的炎症损伤，也没有假小叶。这种情况下，需要做肝脏穿刺才能确诊；

3、特发性肝纤维化：即肝脏有纤维组织的增生，但是没有肝硬化的假小叶，多见于多囊肝患者。多囊肝患者会伴有肝脏的纤维化，导致门脉高压。肝胆管的囊性扩张症也会引起肝脏的纤维组织增生，导致门脉高压，但是没有假小叶，这样的患者不能称之为肝硬化，只能称之为原发性肝纤维化。