多重耐药菌是指对抗菌谱范围内，三类或三类以上的抗菌药物不敏感的细菌，通常不敏感包括耐药和中介两种情况。临床常见的多重耐药菌，包括耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)、耐万古霉素的肠球菌以及超广谱β-内酰胺酶的肠杆菌科细菌。例如产酶的大肠埃希菌、产酶的肺炎克雷伯菌，还包括多重耐药的铜绿假单胞菌，及多重耐药的鲍曼不动杆菌等。
细菌对抗菌药物的耐药机制可包括多种，重点为灭活酶，比如产β-内酰胺酶及氨基糖苷钝化酶等。靶位的改变也较为重要，如青霉素结核蛋白的靶位改变，对于膜通透性的改变，使药物不易进入细菌体内。此外较重要的机制为细菌泵出系统的增多、增强，使已进入到细菌体内的抗菌药物，被泵出系统泵出体外，从而未发挥作用。还包括膜主动转运减少及建立新代谢的途径等，有时多种机制可以同时存在。
