附件的囊肿很可能会引起腹痛，比如输卵管积液时，通过B超检查会发现有囊肿，通常会伴有患侧下腹部疼痛。而且此类疼痛在月经期、疲劳后、性生活时，通常会出现加重的现象，并且伴有阴道分泌物出现增多。
因为输卵管的积液是炎症所引起，而炎症通常会导致组织充血、水肿，所以会出现腹痛。
另外，若附件囊肿是巧克力囊肿的情况下，也会引起腹痛。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢局部，随着盆腔充血，局部会发生变化，进而引起疼痛。另外，在来月经时也会导致异位症的病灶出血，所以也会引起腹痛。
此外，其他的病理性囊肿相对较大的情况下，由于重力的关系通常会牵扯进而引起疼痛。另外，也可能会出现卵巢囊肿蒂扭转，从而引起急性下腹部疼痛，同时还可能伴有恶心、呕吐等症状，此时建议尽快到医院，并考虑进行手术治疗。
