胆管结石行外科手术治疗存在风险，手术风险大小与患者体质密切相关。年轻患者风险比年老患者风险小，存在心肺部慢性疾病的患者手术风险较大。相对而言并发胆管炎及肝脏病变，胆管结石手术较单纯肝内胆管结石风险大。因为肝脏血供丰富，附近重要脏器众多，胆道解剖变异等是导致胆管结石手术风险大的因素。

胆管结石残留、肝外胆管损伤、血管损伤，或其他邻近脏器意外损伤是胆道手术的主要并发症。胆道手术可以残留结石，所以胆汁流动阻塞肝外胆管，严重者可引发胰腺炎。肝外胆管损伤可引起胆管狭窄、胆瘘等并发症，可能需要二次手术治疗，血管损伤较少见，合并肝凝血功能差可引发出血。对于需要行肝部分切除的患者，术后肝功能需要一段时间的恢复，在此期间，肝功能较差，出血、感染风险大。

此外，其它少见手术风险包括肺部感染、麻醉并发症、深静脉血栓形成、胃肠功能障碍等。所有临床医生在为患者行手术前均会完善相关检查，评估患者有无心脏病、肺部疾患、糖尿病，近期有无心梗、脑血管病变、肝肾功能障碍等，不需要特别担心风险问题。