巴雷特食管不经过药物治疗无法自愈。形成巴雷特食管的原因可能合并反流性食管炎，时间较长将导致食管鳞状上皮被柱状上皮替代。有时内镜医生会在内镜下描述，食管可以见到胃黏膜异位显像，其实为巴雷特食管在内镜下的表现，通过NBI胃镜可以看到团块状、倒状、蛇状的胃黏膜异位显像。
此类病变治疗，一方面要积极治疗引起巴雷特食管的原因，即抗反流治疗。若反流性食管炎的症状不能够得到有效控制，巴雷特食管发生的数量、程度将逐渐加深。另一方面，内镜下怀疑有异型增生的巴雷特食管，可以进行内镜下的黏膜切除。部分病变还可以在内镜上用氩气或高频电进行烧灼、损伤，食管黏膜修复后，可以恢复到正常状态。
