肛瘘术后大便太痛原因有很多，如肛门口解剖问题。如肛门附近神经末梢相当丰富，较敏感，如果该地方有刀疤，则会很痛。且术后排便肛门有扩张过程，对创面、伤口有牵拉、撕拉过程，会加重术后疼痛。

而恢复期需根据创面愈合快慢、对疼痛敏感性决定。因每个人对疼痛的阈值不同，如部分人对疼痛非常敏感，疼痛恢复相对慢。而术后消除对排便的恐惧感后，会逐步从稀便到成形大便，如大便接近正常或有成形大便，而自己又未特别恐惧，则疼痛感会逐渐消失。如果完全消失，需等创面基本愈合。如果生活习惯较好，疼痛感也会相对轻很多。