苯巴比妥本身有一定药物副作用，可能会引起人体认知，包括记忆功能障碍，使用过程中可能会出现巨幼红细胞性贫血、低钙血症、皮疹、哮喘、肝炎、肝功能损伤等。如果大剂量使用，还可能会导致中毒，或者存在依赖，一旦停药会有撤药综合征反应。
如果黄疸特别严重，并不推荐单纯用苯巴比妥片退黄，因为其本身主要是起到肝酶诱导剂的作用，相当于间接地促进肝酶的变化，再达到退黄效果，并不能快速退黄。而且苯巴比妥本身是镇静剂，使用之后有可能会出现精神反应变化。
服药后的精神症状有可能会和胆红素脑病的症状相混淆，影响对精神状态的判断，从而影响病情的判断，因此黄疸特别严重的情况下，在急性期不推荐单纯用苯巴比妥退黄，蓝光照射还是最安全有效的一种退黄方式。
