胃镜检查时的不适其实并不是疼痛感，而是会出现咽部不适感以及恶心、呕吐等症状。当进行普通胃镜时，受检者会在术前口服利多卡因，这种麻醉药可以使咽部在做镜检时的刺激减少，从而减缓咽部不适。但对于慢性咽炎的患者或既往咽部反射较为严重的患者，此时还会出现咽部不适感以及恶心、呕吐。绝大多数受检者在胃镜检查的过程中，并不会感觉到胃部疼痛。
为了减轻患者的恐惧与焦虑以及避免不适感，目前存在无痛胃镜，即在检查时通过静脉点滴输注短效麻醉药物，使患者处于无意识状态后再做检查，患者既不会有咽部的不适，也不会有恶心、呕吐的症状。目前，胃镜检查是较为成熟的检查方法，如果患者对普通胃镜不耐受或者过于焦虑、紧张，则可以选择无痛胃镜进行检查。
