食道超声检查心脏的意义在于可以看清部分经胸超声看不清楚的切面，有助于观察非典型切面中是否有异物。通常要求心房颤动的患者，在电复律之前进行食道超声，因为需要明确左心耳内或者左房内是否有血栓。如果患者体型比较肥胖，合并有肺病、声窗欠佳时，在经胸超声上看不清楚左房是否有血栓，更看不清楚左心耳是否有血栓。
通过食道超声，可以从食道后面观察心脏，因为距离比较短，又没有肺的遮挡，所以图像清楚可以看到左房、左心耳里是否有血栓，从而决定下一步诊疗方案。如果有血栓，则必须经过4周抗凝，血栓消除以后，才能进行电复律治疗或者射频消融治疗。如果没有血栓，24小时之内则可进行手术操作，所以食道超声对于明确左心耳是否有血栓非常重要，还可以发现不典型房间隔缺损。
