儿童鼻窦炎分为急性鼻窦炎和慢性鼻窦炎，两者临床表现多有不同。急性鼻窦炎一般症状持续存在不超过2个月，早期症状与感冒或急性鼻炎症状相类似，但全身症状与成人相比更为明显。儿童经常有鼻塞、流脓涕较多。另外，还可以伴有发热、精神萎靡、烦躁不安、呼吸急促、拒食等现象。年龄小的患儿经常还会因为不会擤鼻涕导致黏脓鼻涕倒流向后，经过后鼻孔流向鼻咽部，甚至流入气管、支气管内引起刺激性咳嗽，刺激性咳嗽夜间更为明显，患儿有时还会因为咳嗽突然惊醒。
如果黏脓鼻涕被患儿吞下，还会引起食欲不振、恶心、呕吐，甚至腹泻等胃肠道症状。慢性鼻窦炎一般症状持续在3个月以上，儿童中各种症状差别较大，经常表现为鼻塞、流脓涕和咳嗽。感染重、症状持续时间长的儿童还可以出现不爱活动、精神萎靡不振、容易疲劳、记忆力差等表现。
