最多见也比较有特征性的，可能就是肺孢子菌肺炎，以前也称做耶氏肺囊虫肺炎。当然也可以感染其他的病原微生物，例如普通细菌感染，还有病毒感染，包括CMV即巨细胞病毒、EB病毒，还有结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌、流感病毒等。
因为艾滋病是一种获得性免疫缺陷，是免疫功能降低情况，所以各种各样微生物都可能出现，最特征性的可能还是肺孢子菌肺炎。一般的患者多数都是由进行性的气短、呼吸困难。还有伴有乏力等比较明显的表现。
肺部影像学不明显时，可能早期会出现明显的低氧血症特点。所以如果艾滋病病人，一旦出现进行性的呼吸困难，血氧也比较低，要考虑有没有肺孢子菌肺炎的情况发生。
