当腹泻患者出现发热、腹痛，血液实验室检查及粪便检查提示细菌感染时，建议使用针对革兰氏阴性杆菌的抗菌药物进行抗感染治疗。像二代头孢菌素、三代头孢菌素及阿莫西林都是可以选择的药物。
出现急性腹泻症状往往是急性肠炎造成，而造成急性肠炎的病因多种多样。既有致病的微生物，如细菌、病毒感染导致的急性感染性腹泻，也有非感染性因素，如冷、热、酸辣等物理化学刺激导致的急性非感染性肠炎。
在出现腹泻症状时，由于并不一定及时明确病因，因此也不能盲目使用抗生素类药物。如果仅表现为腹泻，而腹痛和发热症状并不明显，往往是非感染因素造成，口服抗生素完全无效，甚至可能会诱发肠道细菌失调，加重腹泻症状。
如果仅表现为腹泻及低热，腹痛不严重，伴有四肢酸痛、乏力的症状，往往是由病毒感染造成，抗菌素类药物治疗也无效。
