肿瘤十二项检查里面包含的指标有甲胎蛋白(AFP)，CEA、CA19-9、CA724、CA50、CA242、CA15-3、CA12-5、神经元特异性烯醇化酶(NSE)、前列腺特异性抗原 (PSA)等。

AFP的异常升高主要与肝癌的发生一定相关，此外，还有与消化系统肿瘤有关的指标，包括CEA、CA19-9、CA724、CA50、CA242，但是这些指标的特异性欠佳，比如CA19-9可以见于大肠癌和胰腺，CA724主要见于胃癌，而对于CEA 、CA50、CA242可能多见于消化系统的肿瘤，但是在其他肿瘤的发生上，可能也会有所表达异常。

对于女性的肿瘤还包括与乳腺癌有关的CA15-3，与卵巢癌相关的CA12-5，这些指标也是作为常规的检测项目，与肺部肿瘤有关的包括NSE，主要与小细胞肺癌发生一定相关，细胞角蛋白、鳞状细胞癌相关的抗原与体内的鳞癌发生一定相关，但是不具有特异性，还有与男性前列腺癌有关的PSA。

在临床上，常规进行的肿瘤标志物十二项的检测，并不能作为独立诊断的指标，还要借助全身的影像学评估，才能更为有效地判断体内是否有癌症存在。