试管婴儿会出现宫外孕，其不能规避宫外孕的发生。宫外孕发生的原因较多，目前尚未完全研究清楚，常见原因包括胚胎的游走性，即使做试管婴儿时用胚胎胶将胚胎固定在宫腔，胚胎依然可能游走到输卵管或其他部位，进而发生宫外孕。另外宫腔异常也可能会导致宫外孕的发生，如宫腔存在炎症、增生、息肉等，会增加宫外孕发生的风险。
既往发生过宫外孕，不是做试管婴儿的指征，但如果因宫外孕导致双侧输卵管梗阻或输卵管切除，属于做试管婴儿的适应征。所以既往发生过宫外孕，无论自然怀孕或通过试管婴儿的方式怀孕，再次发生宫外孕的风险比未发生过宫外孕的患者稍高。对这类患者，建议怀孕后定期检查，尽早发现宫外孕，以保证医疗安全。
