任何手术可能都有一定的风险，斜视手术也有风险或并发症。斜视手术是外眼手术，风险比较小，对于所谓的复发或残余也还可以再做手术。如果肌肉力量和估计不同，也会出现术后过度矫正，这种情况有一定的发生率，约5%-10%。因为控制肌肉力量的手术可逆，所以可以恢复。
另外，还有全麻的风险，斜视手术主要针对7-8个月、1-2岁、3-4岁的孩子，这时大脑神经发育已经接近于正常人，所以对大脑的影响非常小，不会影响孩子的智商。做完斜视之后可能会导致外观改变，比如眼睛发红，这种情况经过一定时间之后都会恢复正常，且手术刀口也会越来越淡，对外貌基本没有影响。
