普通CT不能很好地检查肠道疾病，CT主要对实质性脏器的检查非常有帮助，比如肝脏、胰腺等，对于空腔脏器的检查有限，当肠道占位性病变＞2cm，CT可能才会被发现。
如果是占位性病变，比如肿瘤比较小，或者肠道只是糜烂、溃疡，单纯的普通CT很难发现。对于特殊的CT检查，比如结肠CT的三维重建、小肠的CT重建，这种特殊的检查需要服用特殊的药物，在检查的过程中使整个肠道充盈，行CT且进行重建技术对诊断有帮助。
一般普通CT很难发现肠道疾病，一旦行CT检查发现肠道患有疾病，并不能完全确诊，还需要进行肠镜，甚至小肠镜检查、病理检测才能确诊。
由此可见，如果怀疑肠道疾病，不首选CT检查，建议首选肠镜检查，尤其是结肠镜检查。对于小肠的检查，因为检查手段的有限，可以先行小肠的CT重建，如果发现病变，可以进一步行胶囊内镜、小肠镜检查。
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