疱疹性咽峡炎和扁桃体发炎的发病部位、具体临床表现，以及检查所见都不尽相同，但是也有共同之处。疱疹性咽峡炎一般是指由于疱疹病毒导致的咽峡部的炎症性变化。而扁桃体发炎是一种比较笼统的疾病名称，是指由于病毒、细菌，或者是两者混合感染造成的局部的扁桃体的炎症性疾病。
疱疹性咽峡炎患者可以有明显的咽部疼痛，这一点与扁桃体发炎患者的局部症状非常类似，即两种疾病都可以导致比较明显的咽部疼痛。在具体检查时，可发现疱疹性咽峡炎的患者在咽部黏膜充血的同时，会有比较密集的水疱样病损，在咽部可以看到小且密集的水疱。这些水疱的渗出液里往往含有比较多的疱疹病毒，所以尽量不要让疱疹破裂。而扁桃体发炎的患者，可以在局部检查时看到扁桃体有明显充血，甚至有脓苔出现，但是没有明显的疱疹。所以两个疾病在局部检查时，会有不同的表现。
