阿米巴角膜炎是由阿米巴原虫导致角膜炎，治疗较为困难，目前为止没有一种能彻底杀灭阿米巴特别有效或特别敏感药物。药物治疗，采取比如甲硝唑或洗必泰滴眼液进行治疗，此类药物对阿米巴角膜炎的治疗效果欠佳。

阿米巴角膜炎如果药物治疗不敏感，可以采取手术治疗，根据疾病进展不同阶段，不同严重程度，比如病灶切除或角膜移植等不同手术方式进行治疗。但手术治疗之后也有复发风险，因为药物治疗效果不好，手术后也会复发，比如病灶清除清除不彻底等，会导致手术后复发，所以阿米巴角膜炎治疗相当麻烦和棘手，且预后可能不好。