痰液细菌学检查为判断结核病疗效与传染性可靠指标，一般耐多药肺结核患者规律治疗2-3个月后，痰菌量可以明显下降，达到细菌学检查阴转，患者治疗时间至少需要6个月。耐多药肺结核治疗过程中临床建议有痰患者应每月进行痰液结核菌培养，进而可根据痰菌数量以及检测结果是否阴转判断疗效，便于及时更改患者治疗方案。

同时可根据痰菌培养结果，告知患者是否具有传染性以及是否需继续与家人隔离。因此原则上要求耐药性肺结核患者每月进行痰液结核杆菌培养，不可进行痰液涂片检查，因为痰液涂片检测中发现细菌可能为死菌，但痰液结核杆菌培养可以培养出活菌。